棉花為常異花授粉作物，一般異交率為3%～20%。棉花的原種生產主要采用“三圃制”或“自交混繁法”進行。

　　1.單株選擇單株選擇可以在原種圃或株系圃當選的株系中進行。

　　田間選擇分兩次。第一次在結鈴盛期。第二次在吐絮后期收花前，根據吐絮情況、成熟早晚等進行復選。選擇單株的具體數量根據下年株行圃面積而定。

　　中選單株，每株收中部果枝內圍棉鈴正常吐絮的6～8個棉鈴，按單株分別編號，裝入紙袋或布袋，袋內外標明品種名稱、株號、收摘鈴數等。晾干后，進行室內考種。

　　根據考種結果和品種典型的特征特性進行決選。決選單株妥善保存，作為下年株行圃的種子。

　　2.株行圃 在田間按順序種植上年當選的植株，每株點播1行，對照行和保護行均應為本品種的原種。

　　做好各生育期的觀察記載。包括苗期、花鈴期、吐絮期。用手感法大體評價纖維、籽棉品質。

　　如果一個株行內有一棵雜株，或者植株性狀符合該品種的典型性，但結鈴性、抗逆性、生育期等不如對照行的，則全行淘汰。

　　對中選株行，采收中部果枝上第1～2節位吐絮完好的內圍棉鈴20～30個作室內考種材料，其余及時收摘，一行一袋，內外有牌子，對應編號。曬干后室內考種。根據測產和室內考種結果，決選出優良株行。株行圃的淘汰率一般為30%～40%。

　　3.株系圃 為了減少試驗誤差，把當選株行的種子分成兩部分，分別種在株系鑒定圃和株系繁殖圃。

　　(1)株系鑒定圃 上年中選株行的種子，取部分種成小區。每隔若干行種兩行原種作對照。田間觀察記載同株行圃。凡不符合原品種典型性狀或雜株率在 10%以上的株系予以淘汰。

　　(2)株系繁殖圃 種植當選株行的剩余種子。每株種成一個小區。選留在株系鑒定圃中對應的入選株系，經過嚴格的去雜、去劣后，分別收獲、混合軋花。

　　4.原種圃將上年入選株系的種子混合種植，即為原種圃。在苗期、花鈴期拔除雜、劣株，在霜前正常花混收，軋花后成為原種。

　　采用三圃制生產棉花原種一般用于基礎種子純度較低、混雜退化比較嚴重的品種。如果基礎種子的純度較高，則可省去株系圃，從株行圃直接淘汰雜株、劣株后，將各入選株行種子混合繁殖。